Кандидатов в списке может быть от 200 до 400 человек. В отведённые сроки предвыборные съезды провели 25 партий (14 «льготников» и 11 «новичков»). Это означает, что голосовать можно как за партийный список, так и за кандидатов в одномандатных округах. Кандидаты от КПРФ Бортко, Смолин и Харитонов также выиграли в округах, где не было соперников от «Единой России».
Согласно действующему законодательству РФ, выборы в Госдуму проходят по смешанной системе. Партийный список допускается до распределения депутатских мандатов в том случае, если за него проголосовало более 5 % избирателей от числа тех, что приняли участие в голосовании. То есть, в подавляющем большинстве случаев крупные города будут поделены на части, к которым будут присоединены сёла. На предыдущие выборы 2011 года было выделено 7 млрд рублей.
Остальные партии должны были собрать в поддержку выдвигаемого списка не менее 200 000 подписей (не более 7 000 подписей в одном субъекте федерации). В ходе проверки документов ЦИК РФ отказал «Партии социальных реформ», так как в её списке не было региональных групп. Собрать подписи для регистрации своих списков должны были 4 партии. 10 августа 2016 года Элла Памфилова сообщила, что ЦИК РФ не поддержала иск партии «Гражданская платформа» о снятии с выборов в Госдуму партии «Парнас».
Старейший из выдвинутых кандидатов — Василий Александрович Потлов, родившийся 28 января 1924 года — выдвинут РППС. Занимает 13-е место в Региональной группе города Москва. Верховный суд РФ отказал партии в иске. В свою очередь, юристы «Партии Великое Отечество» обратились в Генеральную прокуратуру РФ с запросом проведения проверки прошедших судебных разбирательств.
В 2016 году были два основных способа выдвижения: проведение предварительных выборов и выдвижение партийным съездом (партийной конференцией). В первом случае претендент на выдвижение в качестве кандидата должен пройти процедуру первичных выборов, на которых за него голосуют либо выборщики, либо все граждане. При этом если партия провела предварительные выборы, то партийное руководство не обязано выдвигать победителей в качестве кандидатов.
Конституционный суд Российской Федерации отметил, что большинство кандидатов, выдвинутых политическими партиями, включёнными в избирательный бюллетень, было зарегистрировано
Вместе с тем, ряд лиц (в том числе 19 глав российских регионов), которые в предварительных выборах не участвовали, были выдвинуты в качестве кандидатов в Госдуму РФ[комм. Кроме того, при выдвижении кандидатов по одномандатным округам в 2016 году была возможна такая форма как самовыдвижение кандидата с последующим сбором подписей.
Однако в ряде регионов никто не подал заявление о самовыдвижении. Например, в Свердловской области (более 4 млн жителей) не поступило ни одного заявления о самовыдвижении. В конечном итоге были зарегистрированы Центризбиркомом по всей России в качестве кандидатов только 23 самовыдвиженца по одномандатным округам. Ещё одной особенностью выборов 2016 года стали межрегиональные партийные списки кандидатов, где несколько регионов получили один список кандидатов.
Кандидатов от Адыгеи (менее 0,5 млн жителей) выделили в отдельный список, а кандидатов от более крупной по численности населения Астраханской области объединили с кандидатами от других регионов. КПРФ также создала 37 территориальных групп, объединив в ряде случаев в один список кандидатов от нескольких регионов (например, от Курганской и Тюменской областей общий список).
В целом кандидаты от КПРФ победили в 7 округах
Данную ситуацию в партии объяснили стремлением сохранить в парламенте представительство профессиональных депутатов. В июне 2016 года ИТАР-ТАСС сообщил, что «Единая Россия» может не выдвинуть кандидата на одном из округов в Томской области ради депутата от ЛДПР Алексея Диденко. После сообщений о договоренности между «Единой Россией» и ЛДПР, Власов не подал документы для участия в выборах, а в упомянутом округе победу одержал Диденко.
По данным на март 2016 года, в России были зарегистрированы 77 политических партий, из которых 75 имели право участвовать в выборах. После утверждения списка кандидатов партий стало известно, что «Единая Россия» оставила без выдвижения кандидатур 18 одномандатных округов, в которых до этого проводила предварительные выборы.
