В. В. Покровский в 1951 году выделил медленно растущую форму окуня (так называемого прибрежного окуня) в отдельный подвид Perca fluviatilis gracilis. Световидов и Дорофеева в 1963 году описали окуня из реки Колыма как Perca fluviatilis intermedius.
Периодически предпринимались попытки выделить отдельные популяции окуня в самостоятельные виды. Якоб Кристиан Шеффер в 1761 году выделил окуня из реки Дунай в отдельный вид Perca vulgaris. По его мнению, местные окуни отличались от Perca fluviatilis более высоким телом, горбатой спиной, меньшей высотой первого спинного плавника и меньшим количеством лучей во втором спинном плавнике.
Л. Т. Гронов в 1854 году выделил Perca helvetica. В XIX веке в основном изучались распространение и места обитания окуня, в начале XX века перешли к активному изучению морфологии окуня. Различные вариации Perca fluviatilis детально изучал советский ихтиолог В. В. Покровский (1951 год), который также разработал систему метрических признаков рыбы. С. Караман в 1924 году описал подвид Perca fluviatilis macedonica.
Выяснилось, что ошибочное описание подвидов вызвано различиями в темпе роста и характере питания окуня в разных водоёмах. Для речного окуня характерна высокая внутривидовая изменчивостьморфологических признаков в зависимости от экологических условий.
В отличие от судака, самец окуня не охраняет икру
Система неметрических признаков скелета окуня включает 61 признак. Также описаны формы окуня, в качестве различий которых указаны число и длина жаберных тычинок, форма тела и отдельных его частей, число чешуек в боковой линии.
В изолированных популяциях, продолжительное время обитающих в солоноватых водоёмах, могут наблюдаться значительные феногенетические отклонения. Обе формы живут совместно в молодом возрасте, затем в образе их жизни наблюдаются различия. Основу пищевого рациона медленнорастущего прибрежного окуня составляют беспозвоночные. Глубинный растёт быстрее и во взрослом возрасте питается главным образом мелкой рыбой, ведя хищный образ жизни. О. Н. Попова считает, что образование данных форм более характерно для самок окуня.
Также утверждается, что в водоёмах с большим разнообразием биотопов окунь может образовывать три экологические формы. Одной из первых в 1930 году выделила мелкую и крупную формы А. К. Свидерская на основе исследования 410 окуней озера Убинское (Новосибирская область).
П. В. Тюрин в 1934 году обнаружил две формы в озере Чаны, однако посчитал сомнительным существование двух рас с наследственно закреплёнными признаками. Также описано наличие прибрежной и глубинной форм в Рыбинском водохранилище, Онежском озере. Вместе с тем исследования в других крупных водоёмах не подтвердили существование данных форм окуня (например, в Куйбышевском и Можайском водохранилищах).
В разговорной речи иногда употребляются названия полосатик, горбач и матросик. Также свои названия окуня характерны для многих северных народностей России. Как правило, длина речного окуня не превышает 50 см, а масса 2 кг, хотя отдельные особи могут достигать более крупных размеров. Средний размер взрослого окуня 15—20 см. По данным исследований окуней в Боденском озере выявлено, что окуни длиной от 6 до 31 см составляют от 93 до 97 % всей биомассы окуней.
Первая попытка интродукции речного окуня на территории Южной Африки состоялась в 1896 году
Продолжительность жизни окуней, как и размеры, также зависит от конкретного водоёма. Окунь имеет сжатое с боков тело, которое покрыто плотной мелкой ктеноидной чешуёй.
Нерестовый период у окуня не отличается продолжительностью и в среднем длится 4—5 дней (максимум до 9)
В первом спинном плавнике у окуня от 12 до 16 колючих лучей, во втором — 12—17 мягких, в анальном — 7—11 лучей. У окуня тупое рыло, имеется небольшой горб за головой. Щёки полностью покрыты чешуёй, на хвостовом плавнике чешуек нет. У мальков окуня нежная чешуя, но с возрастом она становится чрезвычайно крепкой и твёрдой. Окраска окуня может меняться в зависимости от водоёма, например, в торфяных озёрах он приобретает более тёмную окраску.
Летом небольшие окуни предпочитают держаться в заросших водной растительностью заводях и заливах
Советский ихтиолог А. В. Неелов упоминает об окуне серого цвета с синеватым отливом, полностью лишённом красно-жёлтого окраса. Речной окунь быстро распространился по водоёмам континента, активно потребляя местную ихтиофауну. В первые годы интродукции отмечались высокие темпы роста, окунь быстро достигал массы 2 кг. Темпы роста следующих поколений окуня сильно зависели от состояния ихтиофауны.
При наступлении зимы окунь возвращается в реки, имеющие более благоприятные условия
Есть сведения, что в Австралии окунь достигает гораздо более крупных размеров, чем на исторической родине: до 9—10 кг. Первая неудачная попытка интродукции речного окуня в Новую Зеландию относится к 1864 году, когда 200 окуней, привезённых из Англии, так и не смогли прижиться в местных водоёмах. Более успешными оказались следующие попытки в 1868—1878 годах, когда окуни, привезённые сначала из Тасмании, а позднее из Австралии, малыми партиями выпускались в различные водоёмы региона.
Окунь стал широко распространённой рыбой в Новой Зеландии, однако так и не обрёл популярность как объект любительского и промышленного рыболовства ввиду малых размеров. Освоение окунем новых водоёмов острова зачастую носило случайный характер, например, в озере Mahmerangi на Южном острове он оказался в результате половодья.
В 1915 году в Южную Африку окунь был завезён повторно в качестве объекта любительского рыболовства. В первые годы после вселения наблюдался резкий рост численности окуня. К 1926 году окунь сумел найти подходящие для себя условия обитания. В дальнейшем численность сократилась, акклиматизация окуня в целом оказалась неудачной. Окунь в основном придерживается прибрежной зарослевой зоны водоёма, а также искусственных или естественных препятствий, любит участки с обилием водной растительности.
Благоприятная величина pH — 7,0—7,5, жёсткость воды в немецких градусах (dH) — 8—12, температура воды — 10—22 °С. Неблагоприятна для размножения окуня температура воды выше 30—31 °C. В этот период окунь образует небольшие стаи (около 10 рыб), только у молодых особей стаи могут достигать численности около 100 штук.
Темпы роста и сроки полового созревания речного окуня в разных водоёмах могут сильно различаться. В боковой линии окуня насчитывается от 53 до 77 чешуек. Исследования в Боденском озере показали, что летом окунь придерживается участков водоёма с температурой воды от 13 до 19 °С.
